Sau đảo chính, Phòng Liên lạc Phủ Tổng thống bị giải tán. Lực lượng Đặc biệt cũng được phân chia thành nhiều đơn vị khác nhau. Sở Bắc được tách riêng để hình thành một cơ quan độc lập trực thuộc Bộ Tổng Tham mưu. Phòng ban khác cũng được giải thể và phân bổ vào các cơ quan thuộc Bộ Quốc phòng. Riêng các đơn vị tác chiến được tập hợp để hình thành một đơn vị độc lập với bộ chỉ huy riêng.

Tháng 7 năm 1964, Liên đoàn 31 được đổi tên thành Liên đoàn 111 và Liên đoàn 77 được đổi tên thành Liên đoàn 301. Tất cả đều đặt dưới quyền Chỉ huy trưởng Lực lượng Đặc biệt.

Ngày 19 tháng 6 năm 1965, Liên đoàn Biệt kích 111 và 301 bị giải tán. Các đơn vị chiến đấu được sắp xếp lại để chính thức hình thành Binh chủng Lực lượng Đặc biệt, gồm một Bộ Tư lệnh, một Đại đội Tổng Hành dinh, một Trung tâm Huấn luyện, và 4 Bộ Chỉ huy (C) ở 4 Quân khu. Mỗi C có một số B và mỗi B có một số toán A quân số vào khoảng 12 người. Ngoài ra, các đại đội biệt kích dù độc lập cũng được tập hợp thành Tiểu đoàn 91 Biệt cách Dù, cũng được đặt dưới quyền điều động của Bộ Tư lệnh Lực lượng Đặc biệt. Tổng cộng quân số Lực lượng Đặc biệt vào khoảng 5.000 trong thời điểm đó.

Cũng từ thời điểm này, các đơn vị Lực lượng Đặc biệt của đồng minh Hoa Kỳ là Liên đoàn 1, sau đó là Liên đoàn 5 tham chiến tại chiến trường miền Nam. Lực lượng Đặc biệt của Việt Nam Cộng hòa cũng tổ chức các toán biệt kích nhỏ phối hợp với các toán biệt kích Mỹ hỗ trợ cho các trại Dân sự Chiến đấu dọc theo vỹ tuyến 17 và ranh giới giữa Nam Việt Nam với Lào, Campuchia. Từng toán một, được trang bị vũ khí hiện đại với chiến thuật trinh sát và đột kích các đơn vị của đối phương trong nhiệm vụ bảo vệ biên giới.

Ngày 1 tháng 4 năm 1968, Tiểu đoàn 91 Biệt cách Dù được đổi tên thành Tiểu đoàn 81 Biệt cách Dù. Một cơ quan tham mưu là Trung tâm Hành quân Delta được thành lập để giúp Bộ Tư lệnh Lực lượng Đặc biệt chỉ huy hành quân các toán biệt kích và đơn vị Biệt cách Dù.